La messagerie instantanée un à un est une idée assez ancienne : sous UNIX, elle existe depuis bien longtemps, sous forme de texte, grâce à la commande talk, puis sous Windows, il y a eu l'équivalent fenêtré avec WinPopUp.
Le protocole standard ouvert Internet Relay Chat (IRC) fournit lui aussi depuis 1988, des fonctionnalités de messagerie instantanée avancée très orientée discussion à plusieurs.
Ces deux manières de converser sur le réseau ne sont toutefois pas ce qu'on appelle la messagerie instantanée, du fait qu'il n'y pas ou peu d'authentification et de gestion de présence.
La messagerie instantanée moderne grand public a été révélée par une jeune entreprise israélienne, Mirabilis, en introduisant ICQ en 1996. Une des principales innovations était la gestion d'une liste de contacts personnels. En 1998, Mirabilis a été rachetée par le groupe AOL Time Warner.
En 1998, le protocole Jabber est créé.
Depuis le succès d'ICQ, de nombreux protocoles de communication incompatibles, propriétaires et fermés ont été développés et gratuitement proposés par des fournisseurs de contenu d'Internet (Yahoo! Messenger en 1998 puis MSN Messenger en 1999). L'avantage pour eux est de se constituer une large base de clients captifs, puis de pouvoir leur envoyer de la publicité, leur proposer des services étendus payants, etc.
En 2002, on enregistre autant de courriers électroniques que de messages instantanés échangés dans le monde ; le nombre d'utilisateurs de la messagerie instantanée est estimé à 360 millions. La fermeture des réseaux, leur cloisonnement, leur incompatibilité et leur non-interopérabilité rend la messagerie instantanée sur Internet dans un état de fragmentation qui n'existe pas dans le domaine de l'e-mail et du web.
En 2004, Jabber/XMPP est normalisé comme standard ouvert par l'IETF, l'organisation de normalisation des protocoles de l'Internet. Jabber est à ce jour le seul système normalisé, standard ouvert, non fermé et non propriétaire, qui est très activement développé par des centaines voire milliers de développeurs, administrateurs et des millions d'utilisateurs passionnés, ainsi que par des grands noms de l'industrie informatique : Google, IBM, Sun, France Telecom/Wanadoo/Orange Internet, etc.
En 2005, le travail sur le support des sessions multimédia, dont la voix sur IP, est relancé grâce au protocole Jingle (Jabber) livré par Google Talk.
En 2006, les conventions de nommage pour les identifiants de messagerie instantanée (« IRI/URI scheme ») sont adoptées par l'IETF : elles sont basées sur le protocole Jabber.